Gói nội dung tải về, The Missing Link, được phát hành vào ngày 18 tháng 10 năm 2011 cho PC và Xbox 360, với nội dung trên PlayStation 3 có sẵn vào ngày hôm sau [38]. Theo VideoGamer.com, nội dung này bổ sung thêm khoảng 5 giờ chơi [38].

DLC này giải quyết những lời chỉ trích về các trận đấu boss của trò chơi chính, bao gồm trận đấu boss được phát triển trong nhà bởi Eidos Montreal, mà người chơi không bắt buộc phải giết [39].

Cốt truyện

The Missing Link xảy ra trong khoảng thời gian Adam trên chiếc tàu chở hàng từ Hengsha đến Singapore.

Adam bị phát hiện và bắt giữ trên tàu. Hai chỉ huy của Belltower, Pieter Burke và Keitner Netanya tra tấn anh để lấy thông tin về nhân dạng. Sau khi chiếc ghế EMP giữ Adam ngừng hoạt động một cách bí ẩn, Adam thu hồi lại trang thiết bị của mình với sự giúp đỡ của một hacker bí ẩn, người liên lạc thông qua radio. Con tàu cập cảng tại Rifleman Bank Station, một trạm tiếp tế trên biển của Belltower. Sau khi lẻn vào được trạm, Adam phát hiện ra rằng Keitner là người giúo anh trốn thoát. Thất vọng với bản chất phi đạo đức của các hoạt động của Belltower, cô muốn Adam tìm bằng chứng cụ thể về một nghiên cứu bất hợp pháp mà cô có thể sử dụng để cung cấp cho Interpol. Cô cũng hướng dẫn Adam mua vũ khí từ Garvin Quinn, một kỹ thuật viên trên trạm và là một thương nhân bán vũ khí chợ đen.

Sau khi xâm nhập vào khu an toàn của trạm, Adam phát hiện ra rằng trong thực tế đây là một trại giam khổng lồ với hàng trăm người vô tội bị bắt cóc trên toàn cầu để hỗ trợ Hyron Project của Illuminati. Vì các thông số sinh học rất nghiêm ngặt, hầu hết những người bị giam cầm chết sau khi bị thử nghiệm. Sau khi nghe lỏm được cuộc trò chuyện giữa Burke và hai nhà khoa học, Gary Savage và Tiffany Kavanagh, Adam lấy được quyền truy cập vào một thang máy đưa anh đến một cơ sở nghiên cứu đồ sộ dưới nước. Kavanagh, người luôn nghi ngại về bản chất vô nhân đạo của nghiên cứu, đã đồng ý cung cấp thông tin. Burke phát hiện ra hành động của Keitner và cho lính của mình giết cô. Burke sau đó kích hoạt "Mã Vàng": bơm khí độc vào trại giam và cơ sở nghiên cứu để loại bỏ nhân chứng. Do chỉ có thể chuyển hướng dòng khí vào một chỗ, Adam buộc phải lựa chọn giữa Kavanagh và các tù nhân. Một con đường bí mật ở gần đó cho phép anh cứu tất cả.

Adam sau đó quay lại căn cứ và đối mặt với Burke, người có thể bị giết hoặc vô hiệu hóa. Adam sau đó được liên lạc bởi hacker bí ẩn, người thông báo với anh rằng một con tàu khác đang chuẩn bị khởi hành đến vị trí của Megan Reed. Ông tiết lộ mình là "Quinn" và là người liên hệ Keitner với Interpol. Ông giải thích rằng ông sử dụng Jensen và Keitner như những con tốt để chống lại Belltower lẫn Illuminati. Quinn sau đó ca tụng hoặc đặt câu hỏi về hành động của Jensen (dựa trên việc người chơi chọn hoặc hy sinh Kavanagh), trước khi đưa anh lên một cryosleep. Pod này sau đó được gửi qua máy bay trực thăng lên tàu khởi hành.